2004年选举后,陈水扁取代李登辉,奠定了自己作为“台独意识”总代表的地位,使得李登辉的能量进一步衰弱。有几件事就可以说明陈水扁有意疏远、压制李登辉。一是在任命新的政府成员时,陈水扁一举清空了李登辉的人马。二是11月中旬的时候,激进“台独”分子鼓噪孙中山是“外国人”,不配当“国父”,摆明了是为李登辉造势,李登辉本人也大言不惭地说,有人称他为“台湾国父”,他“期期以为不可”,等到他过世了,再如此称呼他也不迟。对此,陈水扁表示,“国父只有一个,就是孙中山”。三是无论李登辉及其身边的人如何要求,陈水扁总是尽量避免与李登辉同台。
随着“扁宋会”、连战访问大陆等事情一再的针锋相对,陈水扁和李登辉双方矛盾再次急剧上升。为拉抬民进党“国代”选情,陈水扁在接受偏“台独”色彩的电视台专访时,对李登辉采取了近乎“割袍断义”的决绝行动。他连续炮轰李登辉“想做台湾的国父”,还要李登辉“不要认为,我像他儿子一样,就把我当成他儿子”,就算是“父亲要管儿子,也没那么简单”。李登辉听完这番话后,连连向身边的人表示自己对陈水扁的言论感到“心痛、心寒”,还哀叹的说道:“现在台联和我对陈水扁来说,已经没有利用价值了!”李登辉的“台联党”更是跳出来反击陈水扁,说陈水扁不要脸,到处跟人说自己是台湾之子,甚至比吴三桂还不如。至此,陈水扁和李登辉的关系彻底陷入了冰点。