2004年选举后，陈水扁取代李登辉，奠定了自己作为“台独意识”总代表的地位，使得李登辉的能量进一步衰弱。有几件事就可以说明陈水扁有意疏远、压制李登辉。一是在任命新的政府成员时，陈水扁一举清空了李登辉的人马。二是11月中旬的时候，激进“台独”分子鼓噪孙中山是“外国人”，不配当“国父”，摆明了是为李登辉造势，李登辉本人也大言不惭地说，有人称他为“台湾国父”，他“期期以为不可”，等到他过世了，再如此称呼他也不迟。对此，陈水扁表示，“国父只有一个，就是孙中山”。三是无论李登辉及其身边的人如何要求，陈水扁总是尽量避免与李登辉同台。
随着“扁宋会”、连战访问大陆等事情一再的针锋相对，陈水扁和李登辉双方矛盾再次急剧上升。为拉抬民进党“国代”选情，陈水扁在接受偏“台独”色彩的电视台专访时，对李登辉采取了近乎“割袍断义”的决绝行动。他连续炮轰李登辉“想做台湾的国父”，还要李登辉“不要认为，我像他儿子一样，就把我当成他儿子”，就算是“父亲要管儿子，也没那么简单”。李登辉听完这番话后，连连向身边的人表示自己对陈水扁的言论感到“心痛、心寒”，还哀叹的说道：“现在台联和我对陈水扁来说，已经没有利用价值了！”李登辉的“台联党”更是跳出来反击陈水扁，说陈水扁不要脸，到处跟人说自己是台湾之子，甚至比吴三桂还不如。至此，陈水扁和李登辉的关系彻底陷入了冰点。